tanu/covid_analysis
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Tanushree Tunstall 2020-10-23 13:09:08 +01:00
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commit 2d331679b7
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6
data_formatting.R
View file

@ -3,10 +3,8 @@ getwd()
setwd('~/git/covid_analysis/') setwd('~/git/covid_analysis/')
getwd() getwd()
############################################################ ############################################################
# TASK: basic plots # TASK: data cleaning and manipulation to allow plotting
# and analysis
# useful links:
# http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-dot-plot-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization
############################################################ ############################################################
# source data # source data
source("read_data.R") source("read_data.R")

5
ks_test_all_timepoints.R
View file

@ -3,10 +3,7 @@ getwd()
setwd('~/git/covid_analysis/') setwd('~/git/covid_analysis/')
getwd() getwd()
############################################################ ############################################################
# TASK: basic plots # TASK: KS test b/w outcome groups for ALL timepoints (cumulative)
# useful links:
# http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-dot-plot-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization
############################################################ ############################################################
# source data # source data
source("read_data.R") source("read_data.R")

5
ks_test_time.R
View file

@ -3,10 +3,7 @@ getwd()
setwd('~/git/covid_analysis/') setwd('~/git/covid_analysis/')
getwd() getwd()
############################################################ ############################################################
# TASK: basic plots # TASK: KS test b/w outcome groups at each timepoint
# useful links:
# http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-dot-plot-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization
############################################################ ############################################################
# source data # source data
source("read_data.R") source("read_data.R")

5
read_data.R
View file

@ -3,10 +3,7 @@ getwd()
setwd('~/git/covid_analysis/') setwd('~/git/covid_analysis/')
getwd() getwd()
############################################################ ############################################################
# TASK: basic plots # TASK: Read data to serve as input for downstream analyses
# useful links:
# http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-dot-plot-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization
############################################################ ############################################################
# load libraries, packages and local imports # load libraries, packages and local imports

5
stats_paired.R
View file

@ -3,10 +3,7 @@ getwd()
setwd('~/git/covid_analysis/') setwd('~/git/covid_analysis/')
getwd() getwd()
############################################################ ############################################################
# TASK: basic plots # TASK: paired analysis on time for mediators
# useful links:
# http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-dot-plot-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization
############################################################ ############################################################
# source data # source data
source("read_data.R") source("read_data.R")

5
stats_unpaired.R
View file

@ -3,10 +3,7 @@ getwd()
setwd('~/git/covid_analysis/') setwd('~/git/covid_analysis/')
getwd() getwd()
############################################################ ############################################################
# TASK: basic plots # TASK: unpaired analysis for mediators at each timepoint
# useful links:
# http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-dot-plot-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization
############################################################ ############################################################
# source data # source data
source("read_data.R") source("read_data.R")

5
summary_stats_time.R
View file

@ -3,10 +3,7 @@ getwd()
setwd('~/git/covid_analysis/') setwd('~/git/covid_analysis/')
getwd() getwd()
############################################################ ############################################################
# TASK: basic plots # TASK: summary stats of mediators by time
# useful links:
# http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-dot-plot-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization
############################################################ ############################################################
# source data # source data
source("read_data.R") source("read_data.R")

5
summary_stats_time_outcome.R
View file

@ -3,10 +3,7 @@ getwd()
setwd('~/git/covid_analysis/') setwd('~/git/covid_analysis/')
getwd() getwd()
############################################################ ############################################################
# TASK: basic plots # TASK: summary stats of mediators by time and outcome
# useful links:
# http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-dot-plot-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization
############################################################ ############################################################
# source data # source data
source("read_data.R") source("read_data.R")