corrected subcols_axis name in sucols_all_PS
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@ -20,7 +20,7 @@ library(ggplot2)
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library(data.table)
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library(data.table)
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source("barplot_colour_function.R")
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source("barplot_colour_function.R")
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#source("subcols_axis.R")
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#source("subcols_axis.R")
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source("subcols_axis_PS.R")
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source("subcols_axis.R")
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# should return the following dfs, directories and variables
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# should return the following dfs, directories and variables
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# mut_pos_cols
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# mut_pos_cols
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@ -1,87 +0,0 @@
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,x,,changes,
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1,mutationinformation,,Mutationinformation,
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2,wild_type,,,consider...wild_aa
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3,position,,Position,
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4,mutant_type,,,consider...mutant_aa
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5,chain,,,
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6,ligand_id,,,
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7,ligand_distance,,,
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8,duet_stability_change,,,
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9,duet_outcome,,DUET_outcome,
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10,ligand_affinity_change,,,
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11,ligand_outcome,,Lig_outcome,
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12,duet_scaled,,ratioDUET,
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13,affinity_scaled,,ratioPredAff,
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14,wild_pos,,WildPos,
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15,wild_chain_pos,,,
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16,ddg,,,
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17,contacts,,,
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18,electro_rr,,,
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19,electro_mm,,,
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20,electro_sm,,,
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21,electro_ss,,,
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22,disulfide_rr,,,
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23,disulfide_mm,,,
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24,disulfide_sm,,,
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25,disulfide_ss,,,
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26,hbonds_rr,,,
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27,hbonds_mm,,,
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28,hbonds_sm,,,
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29,hbonds_ss,,,
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30,partcov_rr,,,
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31,partcov_mm,,,
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32,partcov_sm,,,
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33,partcov_ss,,,
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34,vdwclashes_rr,,,
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35,vdwclashes_mm,,,
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36,vdwclashes_sm,,,
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37,vdwclashes_ss,,,
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38,volumetric_rr,,,
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39,volumetric_mm,,,
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40,volumetric_sm,,,
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41,volumetric_ss,,,
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42,wild_type_dssp,,,
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43,asa,,,
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44,rsa,,,
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45,ss,,,
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46,ss_class,,,
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47,chain_id,,,
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48,wild_type_kd,,,
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49,kd_values,,,
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50,rd_values,,,
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51,wt_3letter_caps,,,
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52,mutation,,,
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53,af,,,
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54,beta_logistic,,,
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55,or_logistic,,,
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56,pval_logistic,,,
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57,se_logistic,,,
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58,zval_logistic,,,
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59,ci_low_logistic,,,
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60,ci_hi_logistic,,,
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61,or_mychisq,,,
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62,or_fisher,,,
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63,pval_fisher,,,
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64,ci_low_fisher,,,
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65,ci_hi_fisher,,,
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66,est_chisq,,,
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67,pval_chisq,,,
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68,chromosome_number,,,
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69,ref_allele,,,
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70,alt_allele,,,
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71,mut_type,,,
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72,gene_id,,,
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73,gene_number,,,
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74,mut_region,,,
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75,mut_info,,,
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76,chr_num_allele,,,
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77,wt_3let,,,
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78,mt_3let,,,
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79,af_kin,,,
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80,or_kin,,,
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81,pwald_kin,,,
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82,beta_kin,,,
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83,se_kin,,,
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84,logl_h1_kin,,,
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85,l_remle_kin,,,
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86,n_miss,,,
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