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202
data/funpdbe_schema.json
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202
data/funpdbe_schema.json
Normal file
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@ -0,0 +1,202 @@
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||||||
|
{
|
||||||
|
"$schema": "http://json-schema.org/draft-06/schema#",
|
||||||
|
"$id": "https://github.com/funpdbe-consortium/funpdbe_schema/blob/master/funpdbe_schema.v0.0.1.json",
|
||||||
|
"title": "funpdbe_schema",
|
||||||
|
"type": "object",
|
||||||
|
"properties": {
|
||||||
|
"data_resource": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Name of the database or software"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"resource_version": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Version of the resource"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"software_version": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Version of the software used"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"resource_entry_url": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "URL linking to the entry at the partner resource"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"release_date": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Release date of the annotation",
|
||||||
|
"pattern": "^[0-3]*[0-9]/[0-1]*[0-9]/[1-2][0-9]{3}$"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"pdb_id": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "PDB identifier",
|
||||||
|
"pattern": "^[1-9][a-zA-Z0-9]{3}$"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"additional_entry_annotations": {
|
||||||
|
"type": "object",
|
||||||
|
"description": "Additional entry-level annotations"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"chains": {
|
||||||
|
"type": "array",
|
||||||
|
"items": {
|
||||||
|
"type": "object",
|
||||||
|
"properties": {
|
||||||
|
"chain_label": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "PDB chain identifier"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"additional_chain_annotations": {
|
||||||
|
"type": "object",
|
||||||
|
"description": "Additional chain-level annotations"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"residues": {
|
||||||
|
"type": "array",
|
||||||
|
"items": {
|
||||||
|
"type": "object",
|
||||||
|
"properties": {
|
||||||
|
"pdb_res_label": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Residue index from the related PDB entry"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"aa_type": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Three-letter amino acid code",
|
||||||
|
"pattern": "^[A-Za-z0-9]+$"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"additional_residue_annotations": {
|
||||||
|
"type": "object",
|
||||||
|
"description": "Additional residue-level annotations"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"site_data": {
|
||||||
|
"type": "array",
|
||||||
|
"items": {
|
||||||
|
"type": "object",
|
||||||
|
"properties": {
|
||||||
|
"site_id_ref": {
|
||||||
|
"type": "integer",
|
||||||
|
"description": "Reference to site_id"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"raw_score": {
|
||||||
|
"type": "number",
|
||||||
|
"description": "Raw calculated score"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"confidence_score": {
|
||||||
|
"type": "number",
|
||||||
|
"description": "Confidence level of the annotation (0-1)",
|
||||||
|
"minimum": 0.0,
|
||||||
|
"maximum": 1.0
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"confidence_classification": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Confidence classification of the residue",
|
||||||
|
"enum": [
|
||||||
|
"high",
|
||||||
|
"medium",
|
||||||
|
"low",
|
||||||
|
"null"
|
||||||
|
]
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"required": [
|
||||||
|
"site_id_ref",
|
||||||
|
"raw_score",
|
||||||
|
"confidence_score",
|
||||||
|
"confidence_classification"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"additionalProperties": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"minItems": 1,
|
||||||
|
"uniqueItems": true
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"required": [
|
||||||
|
"pdb_res_label",
|
||||||
|
"aa_type",
|
||||||
|
"site_data"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"additionalProperties": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"minItems": 1,
|
||||||
|
"uniqueItems": true
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"required": [
|
||||||
|
"chain_label",
|
||||||
|
"residues"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"additionalProperties": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"minItems": 1,
|
||||||
|
"uniqueItems": true
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"sites": {
|
||||||
|
"type": "array",
|
||||||
|
"items": {
|
||||||
|
"type": "object",
|
||||||
|
"properties": {
|
||||||
|
"site_id": {
|
||||||
|
"type": "integer",
|
||||||
|
"description": "Site identifier"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"label": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Site label"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"source_database": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Name of the source database"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"source_accession": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Accession identifier"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"source_release_date": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Date of acquiring data from source",
|
||||||
|
"pattern": "^[0-3]*[0-9]/[0-1]*[0-9]/[1-2][0-9]{3}$"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"additional_site_annotations": {
|
||||||
|
"type": "object",
|
||||||
|
"description": "Additional site-level annotations"
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"required": [
|
||||||
|
"site_id",
|
||||||
|
"label"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"additionalProperties": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"minItems": 1,
|
||||||
|
"uniqueItems": true
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"evidence_code_ontology": {
|
||||||
|
"type": "array",
|
||||||
|
"items": {
|
||||||
|
"type": "object",
|
||||||
|
"properties": {
|
||||||
|
"eco_term": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Evidence Code Ontology (ECO) term - http://www.evidenceontology.org/"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"eco_code": {
|
||||||
|
"type": "string",
|
||||||
|
"description": "Evidence Code Ontology (ECO) code - http://www.evidenceontology.org/",
|
||||||
|
"pattern": "^ECO_[0-9]{7}$"
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"required": [
|
||||||
|
"eco_code"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"additionalProperties": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"minItems": 1,
|
||||||
|
"uniqueItems": true
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"required": [
|
||||||
|
"data_resource",
|
||||||
|
"pdb_id",
|
||||||
|
"chains",
|
||||||
|
"evidence_code_ontology",
|
||||||
|
"sites"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"additionalProperties": false
|
||||||
|
}
|
||||||
88
data/test_data.json
Normal file
88
data/test_data.json
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,88 @@
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"data_resource": "ProKinO",
|
||||||
|
"resource_version": "2.0",
|
||||||
|
"software_version": "2.0",
|
||||||
|
"resource_entry_url": "http://vulcan.cs.uga.edu/prokino/",
|
||||||
|
"release_date": "10/02/2017",
|
||||||
|
"pdb_id": "2gs6",
|
||||||
|
"chains": [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"additional_chain_annotations": {},
|
||||||
|
"residues": [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"additional_residue_annotations": {},
|
||||||
|
"pdb_res_label": 811,
|
||||||
|
"aa_type": "HIS",
|
||||||
|
"site_data": [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"confidence_score": 1,
|
||||||
|
"site_id_ref": 811,
|
||||||
|
"confidence_classification": "high",
|
||||||
|
"raw_score": 1
|
||||||
|
}
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"additional_residue_annotations": {},
|
||||||
|
"pdb_res_label": 812,
|
||||||
|
"aa_type": "ARG",
|
||||||
|
"site_data": [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"confidence_score": 1,
|
||||||
|
"site_id_ref": 812,
|
||||||
|
"confidence_classification": "high",
|
||||||
|
"raw_score": 1
|
||||||
|
}
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"additional_residue_annotations": {},
|
||||||
|
"pdb_res_label": 813,
|
||||||
|
"aa_type": "ASP",
|
||||||
|
"site_data": [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"confidence_score": 1,
|
||||||
|
"site_id_ref": 813,
|
||||||
|
"confidence_classification": "high",
|
||||||
|
"raw_score": 1
|
||||||
|
}
|
||||||
|
]
|
||||||
|
}
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"chain_label": "A"
|
||||||
|
}
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"sites": [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"additional_site_annotations": {},
|
||||||
|
"source_release_date": "06/20/2006",
|
||||||
|
"site_id": 811,
|
||||||
|
"label": "HRD motif",
|
||||||
|
"source_accession": "2gs6",
|
||||||
|
"source_database": "pdb"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"additional_site_annotations": {},
|
||||||
|
"source_release_date": "06/20/2006",
|
||||||
|
"site_id": 812,
|
||||||
|
"label": "HRD motif",
|
||||||
|
"source_accession": "2gs6",
|
||||||
|
"source_database": "pdb"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"additional_site_annotations": {},
|
||||||
|
"source_release_date": "06/20/2006",
|
||||||
|
"site_id": 813,
|
||||||
|
"label": "HRD motif",
|
||||||
|
"source_accession": "2gs6",
|
||||||
|
"source_database": "pdb"
|
||||||
|
}
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"additional_entry_annotations": {},
|
||||||
|
"evidence_code_ontology": [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"eco_term": "computational combinatorial evidence",
|
||||||
|
"eco_code": "ECO_0000246"
|
||||||
|
}
|
||||||
|
]
|
||||||
|
}
|
||||||
0
data/test_data_malformed.json
Normal file
0
data/test_data_malformed.json
Normal file
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