removing unwanted variables after sourcing data

ks_test_all_timepoints.R

@@ -10,6 +10,10 @@ getwd()
 ############################################################
 # source data
 source("read_data.R")
+
+# clear unwanted variables
+rm(my_data)
+
 ############################################################
 #===================================
 # output: KS test for cumulated time

ks_test_time.R

@@ -10,6 +10,10 @@ getwd()
 ############################################################
 # source data
 source("read_data.R")
+
+# clear unwanted variables
+rm(my_data)
+
 ############################################################
 #===================================
 # output: KS test at each timepoint

read_data.R

@@ -19,10 +19,14 @@ outdir_stats = "~/git/covid_data/output/stats/"
 
 #==========================================================
 # input data files
+infile_covid = paste0(datadir,"/covid19_v3.csv")
+
 infile_icu_wf = paste0(datadir,"/icu_covid_wf_v3.csv")
 infile_icu_lf = paste0(datadir,"/icu_covid_lf_v3.csv")
 #%%========================================================
-# read file
+# read files
+my_data = read.csv(infile_covid, stringsAsFactors = F) 
+
 wf_data = read.csv(infile_icu_wf , stringsAsFactors = F) 
 dim(wf_data)
 

stats_paired.R

@@ -10,6 +10,10 @@ getwd()
 ############################################################
 # source data
 source("read_data.R")
+
+# clear unwanted variables
+rm(my_data)
+
 ############################################################
 #=========================
 # output: paired_analysis

stats_unpaired.R

@@ -10,6 +10,10 @@ getwd()
 ############################################################
 # source data
 source("read_data.R")
+
+# clear unwanted variables
+rm(my_data)
+
 ############################################################
 #============================
 # Output: unpaired analysis

summary_stats_time.R

@@ -10,6 +10,10 @@ getwd()
 ############################################################
 # source data
 source("read_data.R")
+
+# clear unwanted variables
+rm(my_data)
+
 ############################################################
 #===============================
 # output: summary stats by time

summary_stats_time_outcome.R

@@ -10,6 +10,10 @@ getwd()
 ############################################################
 # source data
 source("read_data.R")
+
+# clear unwanted variables
+rm(my_data)
+
 ############################################################
 #=========================================
 # output: summary stats by time + outcome