######################################################################## #70/30 ######################################################################## =-----------------------------------= # All features including AA index # [WITH OR] =-----------------------------------= time ./run_7030.py -g pncA -d pyrazinamide 2>&1 | tee log_pnca_7030.txt #d time ./run_7030.py -g embB -d ethambutol 2>&1 | tee log_embb_7030.txt time ./run_7030.py -g katG -d isoniazid 2>&1 | tee log_katg_7030.txt time ./run_7030.py -g rpoB -d rifampicin 2>&1 | tee log_rpob_7030.txt time ./run_7030.py -g gid -d streptomycin 2>&1 | tee log_gid_7030.txt time ./run_7030.py -g alr -d cycloserine 2>&1 | tee log_alr_7030.txt # alr: # ERROR, as expected, too few values! # gid: problems =-----------------------------------= # All features including AA index # [WITHOUT OR] **DONE #------------------------------------= time ./run_7030.py -g pncA -d pyrazinamide 2>&1 | tee log_pnca_7030_noOR.txt time ./run_7030.py -g embB -d ethambutol 2>&1 | tee log_embb_7030_noOR.txt time ./run_7030.py -g katG -d isoniazid 2>&1 | tee log_katg_7030_noOR.txt time ./run_7030.py -g rpoB -d rifampicin 2>&1 | tee log_rpob_7030_noOR.txt time ./run_7030.py -g gid -d streptomycin 2>&1 | tee log_gid_7030_noOR.txt time ./run_7030.py -g alr -d cycloserine 2>&1 | tee log_alr_7030_noOR.txt ######################################################################## # 80/20 ######################################################################## =-----------------------------------= # All features including AA index # [WITH OR] =-----------------------------------= time ./run_8020.py -g pncA -d pyrazinamide 2>&1 | tee log_pnca_8020.txt time ./run_8020.py -g embB -d ethambutol 2>&1 | tee log_embb_8020.txt time ./run_8020.py -g katG -d isoniazid 2>&1 | tee log_katg_8020.txt time ./run_8020.py -g rpoB -d rifampicin 2>&1 | tee log_rpob_8020.txt time ./run_8020.py -g gid -d streptomycin 2>&1 | tee log_gid_8020.txt time ./run_8020.py -g alr -d cycloserine 2>&1 | tee log_alr_8020.txt =-----------------------------------= # All features including AA index # [WITHOUT OR] **DONE real 0m1.099s user 0m1.308s sys 0m1.474s =-----------------------------------= time ./run_8020.py -g pncA -d pyrazinamide 2>&1 | tee log_pnca_8020_noOR.txt time ./run_8020.py -g embB -d ethambutol 2>&1 | tee log_embb_8020_noOR.txt time ./run_8020.py -g katG -d isoniazid 2>&1 | tee log_katg_8020_noOR.txt time ./run_8020.py -g rpoB -d rifampicin 2>&1 | tee log_rpob_8020_noOR.txt time ./run_8020.py -g gid -d streptomycin 2>&1 | tee log_gid_8020_noOR.txt time ./run_8020.py -g alr -d cycloserine 2>&1 | tee log_alr_8020_noOR.txt ######################################################################## # SL ######################################################################## =-----------------------------------= # All features including AA index =-----------------------------------= =-----------------------------------= # All features including AA index # [WITHOUT OR] =-----------------------------------= time ./run_sl.py -g pncA -d pyrazinamide 2>&1 | tee log_pnca_sl_noOR.txt time ./run_sl.py -g embB -d ethambutol 2>&1 | tee log_embb_sl_noOR.txt time ./run_sl.py -g katG -d isoniazid 2>&1 | tee log_katg_sl_noOR.txt time ./run_sl.py -g rpoB -d rifampicin 2>&1 | tee log_rpob_sl_noOR.txt time ./run_sl.py -g gid -d streptomycin 2>&1 | tee log_gid_sl_noOR.txt time ./run_sl.py -g alr -d cycloserine 2>&1 | tee log_alr_sl_noOR.txt ######################################################################## ######################################################################## ######################################################################## ###################### COMPLETE DATA ############################## ######################################################################## ######################################################################## ######################################################################## #70/30 ######################################################################## =-----------------------------------= # All features including AA index # [WITHOUT OR] #------------------------------------= time ./run_cd_7030.py -g pncA -d pyrazinamide 2>&1 | tee log_pnca_cd_7030_noOR.txt time ./run_cd_7030.py -g embB -d ethambutol 2>&1 | tee log_embb_cd_7030_noOR.txt time ./run_cd_7030.py -g katG -d isoniazid 2>&1 | tee log_katg_cd_7030_noOR.txt time ./run_cd_7030.py -g rpoB -d rifampicin 2>&1 | tee log_rpob_cd_7030_noOR.txt time ./run_cd_7030.py -g gid -d streptomycin 2>&1 | tee log_gid_cd_7030_noOR.txt time ./run_cd_7030.py -g alr -d cycloserine 2>&1 | tee log_alr_cd_7030_noOR.txt ######################################################################## # 80/20 ######################################################################## =-----------------------------------= # All features including AA index # [WITHOUT OR] #------------------------------------= time ./run_cd_8020.py -g pncA -d pyrazinamide 2>&1 | tee log_pnca_cd_8020_noOR.txt time ./run_cd_8020.py -g embB -d ethambutol 2>&1 | tee log_embb_cd_8020_noOR.txt time ./run_cd_8020.py -g katG -d isoniazid 2>&1 | tee log_katg_cd_8020_noOR.txt time ./run_cd_8020.py -g rpoB -d rifampicin 2>&1 | tee log_rpob_cd_8020_noOR.txt time ./run_cd_8020.py -g gid -d streptomycin 2>&1 | tee log_gid_cd_8020_noOR.txt time ./run_cd_8020.py -g alr -d cycloserine 2>&1 | tee log_alr_cd_8020_noOR.txt ######################################################################## # SL ######################################################################## =-----------------------------------= # All features including AA index # [WITHOUT OR] #------------------------------------= time ./run_cd_sl.py -g pncA -d pyrazinamide 2>&1 | tee log_pnca_cd_sl_noOR.txt time ./run_cd_sl.py -g embB -d ethambutol 2>&1 | tee log_embb_cd_sl_noOR.txt time ./run_cd_sl.py -g katG -d isoniazid 2>&1 | tee log_katg_cd_sl_noOR.txt time ./run_cd_sl.py -g rpoB -d rifampicin 2>&1 | tee log_rpob_cd_sl_noOR.txt time ./run_cd_sl.py -g gid -d streptomycin 2>&1 | tee log_gid_cd_sl_noOR.txt time ./run_cd_sl.py -g alr -d cycloserine 2>&1 | tee log_alr_cd_sl_noOR.txt ######################################################################## ######################################################################## ######################################################################## ###################### Feature Selection ########################## ######################################################################## ######################################################################## # 7030 time ./run_FS.py -g pncA -d pyrazinamide 2>&1 | tee log_FS_pnca_7030.txt time ./run_FS_7030.py -g pncA -d pyrazinamide 2>&1 | tee log_FS_pnca_7030_noOR.txt