added dist_mutation_to_na2.pl script from UQ to calculate dist to na
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257
scripts/dist_mutation_to_na2.pl
Normal file
257
scripts/dist_mutation_to_na2.pl
Normal file
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@ -0,0 +1,257 @@
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use strict;
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use warnings;
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sub trim;
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sub distance;
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sub res_cod1_to_res_cod3;
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sub res_cod3_to_res_cod1;
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# ____________________________________________________________________________________________________________________
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# Input parameters
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my $pdb = $ARGV[0];
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my $mutation = $ARGV[1];
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my $wt_chain = $ARGV[2];
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if(scalar(@ARGV) != 3){
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print "___________________________________________________________________________________
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SINTAX:
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perl dist_mutation_to_na.pl <pdb> <mutation> <chain>
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___________________________________________________________________________________\n";
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exit;
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}
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# ____________________________________________________________________________________________________________________
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my $wild_res = substr($mutation, 0, 1);
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my $wild_res_pos = substr($mutation, 1, length($mutation)-2);
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my $mutated_res = substr($mutation, length($mutation)-1, 1);
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||||
open(PDB,"<$pdb") or die "$!Erro ao abrir: $pdb\n";
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my @pdb = <PDB>;
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close PDB;
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my $k = 0;
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my @coord_x; my @coord_y;
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my @coord_z; my @res_num;
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my @res_name; my @min_dist;
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my @chain;
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# ==================================================================================================
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foreach my $line (@pdb){
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if($line =~ /^ATOM|^HETATM/){
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if( trim(substr($line,17,3)) eq "DA" or
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||||
trim(substr($line,17,3)) eq "DG" or
|
||||
trim(substr($line,17,3)) eq "DC" or
|
||||
trim(substr($line,17,3)) eq "DT" or
|
||||
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||||
trim(substr($line,17,3)) eq "A" or
|
||||
trim(substr($line,17,3)) eq "G" or
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||||
trim(substr($line,17,3)) eq "C" or
|
||||
trim(substr($line,17,3)) eq "U"
|
||||
){
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||||
my $res_cod = res_cod3_to_res_cod1(trim(substr($line,17,3)));
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||||
my $res_ind = trim(substr($line,22,4));
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||||
my $x = trim(substr($line,30,8));
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||||
my $y = trim(substr($line,38,8));
|
||||
my $z = trim(substr($line,46,8));
|
||||
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||||
$coord_x[$k] = $x;
|
||||
$coord_y[$k] = $y;
|
||||
$coord_z[$k] = $z;
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||||
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||||
$res_num[$k] = $res_ind;
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||||
$res_name[$k] = $res_cod;
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$chain[$k] = substr($line,21,1);
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$k++;
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}
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}
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}
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my $k2 = 0;
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||||
my @coord_x2; my @coord_y2;
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my @coord_z2; my @res_num2;
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my @res_name2; my @min_dist2;
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||||
my @chain2;
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||||
foreach my $line (@pdb){
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||||
if(trim(substr($line,0,6)) eq "ATOM"){
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||||
my $res_cod = res_cod3_to_res_cod1(trim(substr($line,17,3)));
|
||||
my $res_ind = trim(substr($line,22,4));
|
||||
my $x = trim(substr($line,30,8));
|
||||
my $y = trim(substr($line,38,8));
|
||||
my $z = trim(substr($line,46,8));
|
||||
my $curr_chain = substr($line,21,1);
|
||||
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if($wild_res_pos == $res_ind and $wt_chain eq $curr_chain){
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||||
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||||
$coord_x2[$k2] = $x;
|
||||
$coord_y2[$k2] = $y;
|
||||
$coord_z2[$k2] = $z;
|
||||
|
||||
$res_num2[$k2] = $res_ind;
|
||||
$res_name2[$k2] = $res_cod;
|
||||
|
||||
$chain2[$k2] = substr($line,21,1);
|
||||
|
||||
$k2++;
|
||||
}
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}
|
||||
}
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#print "$k2\t$k\n";
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#print "Calculating distances\n";
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# ==================================================================================================
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my $min_dist = 999;
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for(my $i=0; $i<$k2; $i++){
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||||
for(my $j=0; $j<$k; $j++){
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my $dist = distance($coord_x2[$i],$coord_y2[$i],$coord_z2[$i],$coord_x[$j],$coord_y[$j],$coord_z[$j]);
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||||
|
||||
my $res_ind1 = $res_num2[$i];
|
||||
my $res_ind2 = $res_num[$j];
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if($min_dist > $dist){
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||||
$min_dist = $dist;
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}
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||||
}
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}
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||||
printf '%.3f'."\n", $min_dist;
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exit;
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# ____________________________________________________________________________________________________________________
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sub trim{
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my $string = shift;
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$string =~ s/^\s+//;
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||||
$string =~ s/\s+$//;
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return $string;
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}
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sub distance{
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||||
my($x1,$y1,$z1,$x2,$y2,$z2) = @_;
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my $distance;
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||||
$distance = sqrt(($x1-$x2)**2 + ($y1-$y2)**2 + ($z1-$z2)**2);
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||||
return $distance;
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}
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||||
sub res_cod3_to_res_cod1{
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||||
my $cod3 = shift;
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||||
if($cod3 eq "ALA"){
|
||||
return "A";
|
||||
} elsif($cod3 eq "VAL"){
|
||||
return "V";
|
||||
} elsif($cod3 eq "LEU"){
|
||||
return "L";
|
||||
} elsif($cod3 eq "GLY"){
|
||||
return "G";
|
||||
} elsif($cod3 eq "SER"){
|
||||
return "S";
|
||||
} elsif($cod3 eq "TRP"){
|
||||
return "W";
|
||||
} elsif($cod3 eq "THR"){
|
||||
return "T";
|
||||
} elsif($cod3 eq "GLN"){
|
||||
return "Q";
|
||||
} elsif($cod3 eq "GLU"){
|
||||
return "E";
|
||||
} elsif($cod3 eq "CYS"){
|
||||
return "C";
|
||||
} elsif($cod3 eq "ARG"){
|
||||
return "R";
|
||||
} elsif($cod3 eq "PRO"){
|
||||
return "P";
|
||||
} elsif($cod3 eq "ASP"){
|
||||
return "D";
|
||||
} elsif($cod3 eq "PHE"){
|
||||
return "F";
|
||||
} elsif($cod3 eq "ILE"){
|
||||
return "I";
|
||||
} elsif($cod3 eq "HIS"){
|
||||
return "H";
|
||||
} elsif($cod3 eq "ASN"){
|
||||
return "N";
|
||||
} elsif($cod3 eq "MET"){
|
||||
return "M";
|
||||
} elsif($cod3 eq "TYR"){
|
||||
return "Y";
|
||||
} elsif($cod3 eq "LYS"){
|
||||
return "K";
|
||||
}
|
||||
return "ERRO";
|
||||
}
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#----------------------------------------------------------------------------------------
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# Recebe codigo de residuo de um caractere e retorna o equivalente de tres
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sub res_cod1_to_res_cod3($){
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||||
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||||
my $cod1 = shift;
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||||
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||||
if($cod1 eq "A"){
|
||||
return "ALA";
|
||||
}
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||||
elsif($cod1 eq "V"){
|
||||
return "VAL";
|
||||
}
|
||||
elsif($cod1 eq "L"){
|
||||
return "LEU";
|
||||
}
|
||||
elsif($cod1 eq "G"){
|
||||
return "GLY";
|
||||
}
|
||||
elsif($cod1 eq "S"){
|
||||
return "SER";
|
||||
}
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||||
elsif($cod1 eq "W"){
|
||||
return "TRP";
|
||||
}
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||||
elsif($cod1 eq "T"){
|
||||
return "THR";
|
||||
}
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||||
elsif($cod1 eq "Q"){
|
||||
return "GLN";
|
||||
}
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||||
elsif($cod1 eq "E"){
|
||||
return "GLU";
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||||
}
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||||
elsif($cod1 eq "C"){
|
||||
return "CYS";
|
||||
}
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||||
elsif($cod1 eq "R"){
|
||||
return "ARG";
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||||
}
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||||
elsif($cod1 eq "P"){
|
||||
return "PRO";
|
||||
}
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||||
elsif($cod1 eq "D"){
|
||||
return "ASP";
|
||||
}
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||||
elsif($cod1 eq "F"){
|
||||
return "PHE";
|
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}
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||||
elsif($cod1 eq "I"){
|
||||
return "ILE";
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}
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||||
elsif($cod1 eq "H"){
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||||
return "HIS";
|
||||
}
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||||
elsif($cod1 eq "N"){
|
||||
return "ASN";
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||||
}
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||||
elsif($cod1 eq "M"){
|
||||
return "MET";
|
||||
}
|
||||
elsif($cod1 eq "Y"){
|
||||
return "TYR";
|
||||
}
|
||||
elsif($cod1 eq "K"){
|
||||
return "LYS";
|
||||
}
|
||||
return "ERRO";
|
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}
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#----------------------------------------------------------------------------------------
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